Sinh ra là con trai của Karmapa thứ 15 Khakhyab Dorje trong vườn Samdrub Choling ở Dowolung Tsurphu. Ngài là bậc thầy của kinh điển và mật chú, đặc biệt là giáo lý “5 Kho Báu”, “Con Đường Giải Thoát”, nhấn mạnh đến Đại Thủ Ấn bởi vì giáo lý Đại Thủ Ấn giải thích rất rõ giáo pháp dòng Kamtsang Kagyu. Khyentse Ozer đạt được sự giác ngộ của dòng truyền thừa và trở thành người nắm giữ truyền thừa Kamtsang Kagyu và là đạo sư gốc của Đức Karmapa thứ 16. Ngài nhiều lần truyền quán đảnh và khẩu truyền của truyền thừa cổ mật và hiện đại như là Rinchen Ter Dzo và ngài cũng cho xây dựng lại trung tâm nhập thất ở Tsandra Rinchen Drak (nằm ở tu viện Palpung, và chăm lo mọi nhu cầu của trung tâm nhập thất).
Trong những ngày cuối cùng khi Jamgon Kongtrul thứ hai trở nên bệnh yếu, ngài nói với học trò và cũng là Omze Kanjam, ngài sẽ tái sinh ở miền trung Tây Tạng. Sau khi truyền đạt như vậy, học trò của ngài trở nên vô cùng lo lắng và muốn biết thêm về tái sinh của ngài. Jamgon Kongtrul trả lời họ và truyền đạt thêm rằng ngài hoàn toàn tin tưởng Đức Karmapa sẽ thực hiện những điều cần thiết để tìm thấy tái sinh của ngài. Năm 1953, trước khi Jamgon Kongtrul viên tịch, ngài tưởng nhớ đến đạo sư gốc của ngài, Đức Karmapa thứ 15, ngài gọi tên thầy và chậm rãi với một nụ cười ngài qua đời.
Ngài ngưng thị hiện vào ngày 10 tháng 5 năm 1952, khi ấy ngài đã thành tựu vô vàn những phật sự nhằm lợi lạc giáo pháp và chúng sinh.
Thư Viện Karma Kagyu